El Valle de Baztan se incluye en la provincia atlántica de la región euro-siberiana, y se caracteriza por la abundancia y regularidad de las precipitaciones, entre 170-180 días de lluvia al año, que acumulan 1.500 mm en los fondos fluviales y más de 2.200mm en las cumbres montañosas, cifras que se sitúan entre las más altas de la península ibérica.
La debilidad de la amplitud térmica es consecuencia directa de la influencia reguladora del mar, que suaviza los rigores del invierno y modera los calores estivales.
En los meses más fríos, la presencia de la nieve es habitual por encima de los 900-1.000m, aunque el manto nivoso se deshace pronto, con frecuencia en pocos días. Los neveros son más persistentes en las laderas de Saioa, con sus 1.419m la máxima elevación de la comarca.
